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Automation et Morphométrie Quantitative

Unité : Biologie moléculaire de l'ARN | ULB628



Description :


En biologie cellulaire, il est fréquent que toutes les cellules d'une population ne présentent pas le même phénotype, un concept connu sous le terme de
'pénétrance' qu'il est indispensable de rencontrer par l'approche statistique. La morphométrie quantitative vise à la caractérisation numérique
détaillée, et validée statistiquement, d'objets divers tels que des types cellulaires distincts ou des structures sous-cellulaires particulières (par
exemple des organelles). Ceci inclut, le dénombrement d'objets, le calcul de leur diamètre, surface, volume, le pourcentage de chevauchement entre différents
objets (co-localisation), etc. La reconnaissance des structures cellulaires et sous-cellulaires peut s'effectuer sur base de leur morphologie
particulière (marquages histochimiques), sur la base de leur fluorescence (utilisation de rapporteurs protéiques ou ribonucléiques). Un aspect essentiel de notre
travail consiste en la segmentation de l'image (voir illustration), ç-à-d le paramètrage précis de logiciels d'analyses menant à la reconnaissance
autonome et à la discrimination d'objets d'intérêts. En combinant les techniques de criblages robotisés, dites à 'hauts débits', qui permettent d'analyser
des centaines d'échantillons sans l'intervention d'opérateurs, à celle de la reconnaissance morphométrique par des logiciels 'intelligents', nous
serons à même, par exemple, de (i) dénombrer des bactéries dans le cytoplasme de macrophages, (ii) tester l'effet de plusieurs dizaines de milliers de
molécules synthétiques ('drug design') sur des voies de différentiation de cellules souches ou (iii) sur le patron de localisation sous-cellulaire d'un
antigène d'interêt (par ex. relocalisation dynamique dans le cytoplasme d'un récepteur membranaire). Des applications macroscopiques, telles que le
dénombrement de plaques de lyses, ou le calcul de la distribution relative de plusieurs espèces de microorganismes pathogènes sont possibles. Le dévelopement
de protocoles à haute résolution est mené en collaboration avec le Service du Métabolisme de l'ARN de l'Université Libre de Bruxelles.

Liste des responsables :


  • LAFONTAINE Denis


Liste des bailleurs :


  • Autres U.E.